Innenraum

Die Abschnitte unter der Empore seitlich des Eingangs sind vom Kirchenraum abgesondert und dienen als Oratorien für die Wallfahrer. Sie sind durch Granitportale von der Eingangshalle her zugänglich und zwei ovale holzvergitterte Fenster gestatten den Blick in den Kirchenraum. Das südliche Oratorium birgt die hölzerne Spindeltreppe, die auf die Empore führt.

Der Kirchenraum ist gegen den Haupteingang durch ein vierteiliges, barockes Schmiedeeisengitter mit zweiflügeliger Mitteltüre abgeschlossen. Seine Ausmaße verraten, dass es ursprünglich für eine größere Öffnung bestimmt war. Auf dem in den Außenfeldern achtteiligen, in den Türfeldern siebenteiligen Additionsmuster sitzen querrechteckige Felder mit Spiralmustern (Akanthusblätter).

Ein Opferstock aus Granit mit schweren Eisenbeschlägen und Schlössern befindet sich vor dem Eingangsgitter.

In der Wand des Ovals befinden sich beidseitig je fünf Figurennischen mit Stuckdekor. Die Wölbung ist muschelverkleidet und hat als Bekrönung einen Baldachin mit Bandwerk, an der Basis Volutenkonsolen. Eine größere Rundbogennische ist über der Altarmensa in der Wand eingelassen und bildet das Mittelfeld des Altaraufbaues.

Vier der Krümmung der Wand angepasste barocke Bänke mit hoher Rückwand und Brüstung, beide in Felder geteilt, darin vierpassartige Einlagen mit Rosetten (18. Jhdt.), betonen das Oval des Raumes. Der spätbarocke Kreuzweg, bestehend aus 14 Bildern, Öl auf Leinwand, mit vergoldetem, nachbarocken Schnitzrahmen, 18. bis 19. Jahrhundert, gelangte 1867 hierher.

Altar

Der Hochaltar (um 1700) stammt von Johann Carlsperger (aus Ried im Innkreis, später Wels, ca. 1665 – 1711), von ihm stammen auch einige Plastiken der Seitenaltäre der Pfarrkirche von Gunskirchen.
Der gemauerte Altartisch ist von einem großen bemalten (Öl auf Leinwand) Antependium verkleidet. Vor einem Wolkenhimmel, durch den der Glanz eines strahlenden Kreuzes bricht, schweben zwei Putten mit den Attributen des Hl. Petrus (Schlüssel, Petruskreuz) und der Tiara (Papstkrone).

Der hölzerne Altaraufsatz liegt auf den hinteren Teil der Mensa auf und besteht aus zwei ursprünglich nicht zusammengehörigen Teilen. Der ältere Teil ist in den Grundelementen quaderförmig, deren Felder von prachtvoll gearbeiteten Leisten (Flammleistenhobel-Technik) und vergoldeten Zierrat umrahmt sind. Darüber befindet sich ein jüngerer Teil, der aus einem zweiten, zierlicher wirkenden Sockel mit einer vertieften Mitte besteht. Die seitlichen Volutenkonsolen sind mit Akanthus (Blütenpflanze) besetzt, die gewundenen, mit Goldblattwerk bekränzten Säulen haben Kompositkapitelle (aus verschiedenen, ursprünglich nicht zusammengehörenden Teilen bestehendes Kapitell).

In der Mitte des Altars befindet sich eine halbkreisförmige, vertiefte, oben halbrund abgeschlossene, von vergoldeter Zierleiste gerahmte Nische. Das verkröpfte Gebälk wird von einem Dreieckgiebel aus vergoldetem Akanthusblattwerk bekrönt, darin eingelassen bildet das Ovalbild Muttergottes mit Kind den Abschluss.

Die Nischenmalerei zeigt rechts neben einem Baum einen steilen Berg mit dem Peterskirchlein. Davor stehen zwei Plastiken: Christus überreicht dem knienden Petrus die Schlüssel, wie so oft in den Darstellungen der Kunst.

Seitlich der Säulen stehen die Statuen der Apostel Paulus und Andreas. Der Hl. Paulus wird mit Buch und Schwert dargestellt, der Hl. Andreas mit dem Andreaskreuz.

Im Scheitel der Mittelnische befindet sich die Wappenkartusche mit der gemalten Jahreszahl 1700. Auf den beiden Wappenschilden unter der Adelskrone ist links das Wappen der Seeauer zu sehen, rechts das der Pfügel.
Eine Kanontafel mit aufgesetztem Kruzifix (Johannes, Maria und Maria Magdalena) und üblicherweise vier als barocke Vasen gestaltete geschnitzte Kerzenleuchter vervollständigen die Ausstattung des Altares.

Der Altar ist eine Stiftung der Catharina Francisca von Seeau.

Apostel

Die zehn Apostelplastiken (Holz, gefasst, Höhe 120 cm) in den Nischen sind nach dem Welser Historiker Kurt Holter vermutlich Arbeiten des aus Innsbruck stammenden Bildhauers Johann Felix Trentini (geb. 10. Mai 1700, suchte am 12. Juli 1723 um das Bürgerrecht in Wels an, wurde am 9. Februar 1729 als Welser Bürger angenommen).

Unter jeder Volutenkonsole ist eine Inschrift in Latein (jeweils ein Teil des Apostolischen Glaubensbekenntnisses) angebracht.
Die Apostel Petrus, Andreas und Paulus befinden sich beim Altar.

Hl. Johannes mit Kelch und Giftschlange passvs svb pontio pilato – gelitten unter Pontius Pilatus
Hl. Jakobus minor (der Jüngere) mit Keule ascendit ad coelos sedet – aufgefahren in den Himmel, er sitzt (…)
Hl. Bartholomäus, Messer als Originalattribut verloren credo in spiritvm s. – ich glaube an den Heiligen Geist
Hl. Matthäus mit Winkelmaß remissionem peccatorvm – Vergebung der Sünden
Hl. Matthias mit Axt vitam aeternam amen – das ewige Leben. Amen
Hl. Judas Thaddäus mit Kreuz carnis resvrrec – Auferstehung der Toten
Hl. Simon mit Säge sanctam ecclesiam – heilige Kirche
Hl. Philippus mit Kreuzstab inde ventvrvs est – er wird wiederkommen
Hl. Thomas mit Lanze descendit ad inferros ter die r. – hinabgestiegen in das Reich des Todes, am dritten Tage auferstanden
Hl. Jakobus maior (der Ältere)mit Pilgerstab qvi coceptvs de spiritv natvs – empfangen durch den Heiligen Geist, geboren (…)
Über beiden Sakristeitüren schweben zwei geflügelte Putten mit füllhornartigen Leuchtern und Inschriftbändern mit den Namen der Apostel Paulus und Andreas, deren Statuen den Altar flankieren. Im Mittelteil der Emporenbrüstung hängt eine geflügelte Putte, auf der Empore beiderseits der Orgel sind noch zwei Posaunenengel zu sehen.

Sakristeitüren/Beichtstühle

Besonders erwähnenswert sind die als Beichtstühle verwendeten, mit guten Schmiedeeisenarbeiten versehenen, bemalten Sakristeitüren. Auf der rechten Tür ist der gefesselte Petrus im Kerker, auf der linken die Befreiung des Apostels durch einen Engel zu sehen.

Orgel

Kleines hölzernes barockes Orgelpositiv, marmorierend gefasst, mit segmentbogenförmigem Abschluss, vier Register. Der Blasbalg war mit Liederriemen händisch zu bedienen, wurde aber bei der Renovierung 1966/67 auf einen elektrisch betriebenen Blasbalg umgebaut.
Beim Abbau (für die Renovierung) der Orgel fand sich auf der Windlade die Inschrift XII 1733, M: G: W: Welß, die beweist, dass es sich um eine Arbeit des aus Melnik in Böhmen stammenden Orgelbauers Mathias Großwald oder seines Sohnes von 1733 handelt. Es ist das einzige erhaltene Werk der Welser Großwald-Werkstatt.

Sakristei-Einrichtung

Zwei Ablassbriefe hinter Glas und Rahmen sind über dem Sakristeischrank zu sehen. Der erste Ablassbrief wurde 1731 anlässlich der Kirchenweihe ausgestellt:
Wir Joseph Dominik von Gottes Gnaden Bischof der exemten Kathedralkirche zu Passau und des H. Römischen Reiches Fürst, Graf von Lamberg ec. Ec. Thun hiemit kund, daß im Jahre des Herrn 1731 den 3. September die Filialkirche St. Peter in der Pfarre Gunskirchen in Oberösterreich gelegen, zur größeren Ehre Gottes, zur Verehrung der seligsten Jungfrau Maria, allen Heiligen, und vorzüglich des h. Apostels Petrus zugleich mit dem Altare von Uns unter Verschluß der Reliquien der heil Martyrer Probus und Modestus consecriert worden sey. Zugleich haben Wir das Fest der Einweihung auf den ersten Sonntag nach dem Feste Marie Heimsuchung verlegt und den Christgläubigen, welche diese Kirche am Konsekrationstage andächtig besuchen, alljährlich Ein Jahr, denjenigen aber, welche am Jahrestage des vorbestimmten Sonntages ihre Andacht verrichten, 40 Tage Ablaß nach der in der Kirche vorgeschriebenen Weise verliehen. Zur bekräftigung dessen haben Wir Unsere eigene Unterschrift hergesetzt. Tag und Jahr wie oben
Joseph Domincus Episcopus mp.

An der Nordwand der Sakristei befindet sich das Lavabo, eine Nische mit muschelverkleideter Wölbung. Das runde, eingelassene Granitbecken ist ebenfalls in Muschelform gehalten, mit einer Bekrönung aus zartem Stuckdekor, Volutenranken und Flammenvase – entstanden um 1730.

Der die Ostwand der Sakristei einnehmende wuchtige Sakristeischrank mit Aufsatz stammt auch aus der Erbauungszeit der Kirche. Hinter einer verschiebbaren Rückwand des Mittelfaches befindet sich ein in die Mauer eingelassenes Kelchkästchen mit schmiedeeiserner Tür.

Glocken

Am 27. Juni 1972 bekam St. Peter neue Glocken, die alten sind nicht mehr vorhanden. Die Petrusglocke wiegt 43 kg und trägt die Aufschrift Hl. Petrus, stärke uns im Glauben, die Paulusglocke mit 25 kg Hl. Paulus, einige uns im Glauben. Spender dieser beiden Glocken waren der Gunskirchner Medizinalrat Dr. Hubert Haidinger, Richard Knogler (vulgo Burgstaller in Liedering) und Johann Wimmer (vulgo Stöfflhans in Salling). Direktor Helmut Rothe sorgte mit Technikern und Arbeitern des Rotax-Werkes Gunskirchen für eine kostenlose Aufhängung.